어느지방도시미타키하라시에사는카나메마도카는조금소극적이지만어디에나있는여자중학생.하지만"마법소녀"가된마녀와싸우는소녀들이존재한다는것을알게되고,그싸움에자신도휘말린다.마법소녀들이다치고쓰러져가는모습을비관한그녀는,큐베에게「모든마녀를태어나기전에없애고싶다」라고빈다.이리하여마도카는「원환의이치」라고불리는초상적인개념이되었고,그힘에의해세계는마녀가존재하지않는곳으로다시만들어졌다.아케미호무라는마도카의마지막의지를가슴에품고,마녀를대체하여창궐하게된「마수」들과계속싸울것을맹세한다.원환의이치에이끌려가는날을꿈꾸며계속싸운다.호무라는마법소녀로서의일상을보내고있었다.나이트메어와싸우는나날이지만동료들과의즐거운하루하루.하지만일상의균열에위화감을느끼기시작했고,끝내결정적인사실에생각이닿는다.그건바로이세계에없을터인"카나메마도카"가존재한다는것.이곳은마녀로변해가는자신이마도카와의일상을다시한번되찾기위해날조한세계,거짓된공간이었던것이다.마법소녀들은그비밀을알면서도이용하려한큐베의간계를타파하기위해함께싸운다.하지만그것은호무라가마녀로변하고마도카는원환의이치로서세계로부터격리된존재라는사실을인정하는일이될수밖에없었다.그렇기에마지막순간,호무라는마도카를잃지않기위해신이나다름없는마도카를끌어내리는악마가되어,스스로세계를다시만든다.미타키하라의소녀들사이에요즘어떤소문이돌기시작했다."도마뱀전화"가소원을이루어준다는것이다---이세상의저주와싸우는것을대가로.그무렵,"소울젬이없는소녀"가마수사냥을벌이는이상한일이연속해서발생했다.호무라는그런풍경을유유히바라보며,이세계에군림하는악마로서,모든것을원하는대로하고있었다.그런줄알았는데---그런일그러진일상을끝내는존재가갑자기나타난다.모든마녀가시작되는장소---나즈카소코츠네,과거에호무라를괴롭혔던여러마녀의집합체---발푸르기스의밤,그리고원환의이치를찾는두명의마법소녀.소녀들은말한다.「아케미호무라를용서못해」라고.원환의이치를잃은세계에서,마법소녀들의운명이다시돌아가기시작한다.